首先，政府门户网站内容不断丰富，但缺少服务与个性。我国政府网站的成绩主要集中在咨询公开、线上服务数量上的突破。但与发达国家政府门户网站联结的网站相比,我国的差距还很大。以美国为例，美国的政府网站服务内容已经达到了4万多项，而在我国做得最好的上海市政务网站是4千多项。我国政府网站服务的局部性，严重限制了中央政府门户网站的搜索导航、拓展延伸功能。其次，一部分地方政府门户网站有名无实。信息不更新，没有深入链接，有的甚至变为“死网”。据相关机构调查评估，目前全国的2500多个政府门户网站中，约有1/3的网站难以打开；约有1/3的政府网站应用价值比较低；还有相当数量的网站存信息更新不及时、服务功能不健全、发布的信息无时效价值等现象；许多网站只有静态功能的介绍，欠缺动态信息交互；有的网站与用户交流沟通的手段单一，相关链接范围窄、深度浅；还有一些政府网站存在着与自己的本职工作联系不紧，脱离实际等问题。
最后，政府门户网站的管理体制落后，服务集成度低。我国地方政府门户提供的在线服务多是按照各部门的网站分类提供，用户要找到自己所需要的服务还要浏览查找相关部门的网站。相比之下，美国在服务集成方面做得比较优秀，以其表格检索为例，用户分别可以按照表格号码、机构名称、机构列表、机构首字母顺序进行检索，可快速地找到自己需要的表格，而不需要再回到表格所涉及的部门网站去下载。所以无论是在内容建设上，还是在用户体验上，我国的政府门户网站与国外还存在较大的差距。
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